Больше трёх лет он работал директором Шенкурской коррекционной школы, затем был главой Шенкурска, а позже и Шенкурского района. Предшественник Сергея Котлова на посту министра образования — Игорь Скубенко сейчас возглавляет администрацию Северодвинска.